成书时间不同、包含内容不同。根据百度百科资料显示，山海经和淮南子的区别如下：
成书时间不同：《山海经》，成书于战国时期至汉代初期，与《易经》《黄帝内经》并称为上古三大奇书；《淮南子》（又名《淮南鸿烈》《刘安子》）是西汉皇族淮南王刘安及其门客收集史料集体编写而成的一部哲学著作。
包含内容不同：《山海经》包含着关于上古地理、历史、神话、天文、动物、植物、医学、宗教以及人类学、民族学、海洋学和科技史等方面的诸多内容，是一部上古社会生活的百科全书；《淮南子》在继承先秦道家思想的基础上，糅合了阴阳、墨、法和一部分儒家思想，但主要的宗旨属于道家。
