税收行政法规是由国务院制定。
税收行政法规是指国家最高行政机关即国务院根据宪法和法律制定的一种调整税收关系的规范性文件。因此有权根据税收法律制定税收行政法规的机关是国务院。此外，中国有权制定税收法律法规和政策的国家机关还有全国人民代表大会及其常务委员会、财政部、国家税务总局、海关总署、国务院关税税则委员会等。
制定流程包括以下步骤：
首先，税务部门会收集和分析相关数据和信息，以确定税收政策的需求和目标。其次，税务部门会组织专家和法律团队进行研究和起草工作，制定初稿。然后，初稿会经过内部审查和讨论，并征求相关利益相关方的意见和建议。接下来，修订的草案会提交给立法机构进行审议和表决。最后，经过立法程序的通过，税收行政法规正式生效。在税收行政法规的制定中，涉及的相关机构包括税务部门、立法机构、专家委员会、利益相关方组织等。税务部门负责收集数据、起草法规，并与立法机构进行沟通和协调。立法机构负责审议和表决最终的法规草案。专家委员会则提供专业意见和建议，确保法规的科学性和合理性。利益相关方组织可能参与公开听证会等程序，提供意见和反馈。
综上所述，税收行政法规的制定流程和相关机构的合理运作，有助于确保税收制度的公平性、透明度和有效性，维护税收秩序和国家财政稳定。
【法律依据】：
《中华人民共和国资源税法》
第一条
在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域开发应税资源的单位和个人，为资源税的纳税人，应当依照本法规定缴纳资源税。