法律分析：公司腐败行为可能会影响商业合作关系，但具体影响因情况而异。腐败行为包括贿赂、行贿、挪用公款等，违反了商业道德和法律规定，可能导致信任度下降、声誉受损和合作伙伴关系破裂等后果。
法律依据：
1.《中华人民共和国刑法》第三百四十三条规定：单位行贿罪的处罚；
2.《中华人民共和国刑法》第二百六十一条规定：挪用公款罪的处罚；
3.《中华人民共和国合同法》第十三条规定：当事人应当遵循诚信原则；
4.《中华人民共和国公司法》第二十五条规定：公司有义务遵守法律、行政法规和公司章程，维护社会公共利益。
因此，公司腐败行为不仅会受到法律制裁，还会引起合作伙伴的质疑和不信任，影响商业合作关系的发展。