申请公司破产后债务由公司的所有财产来清偿。
根据法律规定，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
(一)破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
(二)破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
(三)普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
一、破产重组时员工怎么办
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
（1）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
（2）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
（3）普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。
二、公司破产会不会影响个人财产
公司破产不会影响个人财产。
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权，以其自有财产对外承担债务。公司破产，只需要以公司所有的财产清偿债务，与股东个人财产无关。如果一人有限责任公司财产与股东个人财产无法分离，对于公司债务，股东应当承担继续偿还责任。
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
1、破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
2、破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
3、普通破产债权；
4、破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
【本文关联的相关法律依据】
《企业破产法》第一百一十三条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：
（一）破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金；
（二）破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
（三）普通破产债权。破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的，按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。