医疗器械备案证有效期一般是五年。根据相关法律规定，医疗器械备案具体是指食品药品监督管理部门对医疗器械备案人提交的第一类医疗器械备案资料存档备查。
《医疗器械经营监督管理办法》第十五条《医疗器械经营许可证》有效期为5年，载明许可证编号、企业名称、法定代表人、企业负责人、住所、经营场所、经营方式、经营范围、库房地址、发证部门、发证日期和有效期限等事项。医疗器械经营备案凭证应当载明编号、企业名称、法定代表人、企业负责人、住所、经营场所、经营方式、经营范围、库房地址、备案部门、备案日期等事项。
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