第一种情况，正常转诊
患病后于当地县级医院首诊。病情需转上级医院诊疗时，由医院开具转诊证明——持转诊证明至县农合办公室。农合办加盖公章给予备案，发送电子信息到目的医院——住院：持转诊证明来目的医院就诊，开住院证、缴费、办理新农合接诊住院治疗——出院：转诊证明经科室签字、盖章，持新农合知情同意书及其他医院要求的资料结算出院。
第二种情况，非正常转诊
未经县级医院诊疗直接到上级医院，或者县级医院因故没开转诊证明。电话或现场到农合办公室按要求提供相关资料，县农合办备案，发送信息至目的医院——住院：持转诊证明来院就诊，开住院证、缴费、办理新农合接诊住院治疗(或：无转诊证明，先于上级医院就诊办理住院，住院期间补办上述流程)——出院：转诊证明经科室签字、盖章，持新农合知情同意书及其他医院要求资料结算出院（注：非正常转诊可报销部分报销比例较正常转诊降低20%）。
第三种情况，急诊就诊
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