农民工年收入超过5000元的部分需要交税。
工资收入超过5000元的部分需缴纳个人所得税。以年收入60万元为例，应缴税额计算如下：首先确定税率，假设为30%，则应纳税额计算公式为（年收入-速算扣除数）乘以税率。以速算扣除数2000元计算，公式为（600000-2000）乘以0.3-3375，得出税额为176205元。税前收入在8000至12500元之间时，个人所得税在345至1245元之间，到手收入在7655至11255元之间。
农民工的税务管理：
1、个人所得税征收：农民工的工资收入超过法定免征额后，需按照个人所得税法规定缴纳个人所得税；
2、税率适用：根据累计预扣法，农民工的工资所得适用不同的税率级距；
3、扣缴义务人：一般由农民工的雇主作为扣缴义务人，负责代扣代缴个人所得税；
4、申报缴税：农民工在特定情况下需要自行进行税务申报，如无雇主代扣或有多处收入等；
5、税收优惠政策：国家针对农民工可能有特定的税收优惠政策，以减轻税收负担；
6、跨地区务工税务管理：农民工跨省市务工时，可能涉及税收管理的地域性问题。
综上所述，无论是农民工还是普通工薪阶层，只要年收入超过5000元的部分都需缴纳个人所得税，具体税额按照相应的税率和速算扣除数计算，例如年收入60万元的个人，按30%的税率和2000元的速算扣除数计算，应缴税额为176205元，而税前收入在8000至12500元的个人，其个人所得税在345至1245元之间，实际到手收入则在7655至11255元之间。
【法律依据】：
《中华人民共和国个人所得税法》
第六条
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。