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医学统计学第四版各章例题SAS与STATA实现第四章

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医学统计学(第四版)各章例题SAS/STATA实现

(第四章)

例4-2

某医生为了研丸一种降血脂新药的临床疗效,按统一纳入标准选择120名高血脂虑者, 采用完全随机设计方法将患者等分为4组(具体分组方法见例4-1),进行双盲试验。6周后 测得低密度脂蛋白作为试验结果,见表4・3。问4个处理组想者的低密度脂蛋白含量总体均 数有无差别?

表4・3 4个处理组低密度脂蛋白测量值(mmol/L)

统讣S

zr iu

11H

n

“2

3.53 4.59 4.34 2,66 3,59 3,13 2.64 2.56 3.50 3・25 3.52 3・93 4.19 2・96

安慰剂组

3・30 4.04 3.53 3,56 3.85 4,07 1.37 3-93

30

3・43

102,91 367・ 85

233 2,98 4,00 3,55

2.96 4,3 4.16 2・59

降血脂新药

2.42

336

4.32 2,34 2・68 2,95

1・56 3・11 1・81 177

30

272

81.46 233・ 00

2・4g组

1.98 2・63 2.86 2,93 2,17 2,72 2・36 256 2・52 2,27 2,98 3,72

2.65 2・22 2.90 2・97 2.80 3・57 4.02 2・31

2.36 2.28 239

4・8g组

2,28 2,48 2.28 3-21 2・23 232 2・68 2.66 3.68 2.65 3.02

2・66 232 2・61 3,64 2,58 3,65 3.48 2.42 2.41 2,66 3,29 2.70

30

270

80,94 225・ 54

3.04 2.81 137 1.68

0・89 1.06 1.08 1,27 1,63 1,89

7・2g组

1.19 2・17 2.28 172 0.94 2・11 2.81 2・52

1.98 174 Z16 3,37 2,97 1,69 30

1.97 5839

132.13

1・31 2・51 1.88 1,41 3,19 1,92 2.47 1.02 2.10 371

分析步骤:

Ho: /7, = “2 = “3 = “4,即4个试验组的总体均数相等

HI: 4个试验组的总体均数不全相等

a = 0.05

按表44中的公式计算各离均差平方和SS、自由度V、均方MS和F值。

=102.91 + 81.46 + 80.94 + 5&99 = 32430

=367-85 + 233.00 + 225.54 +132.13 = 958.52

C = (324.30)2 / ] 20 = 876.42

ss总=95&52-876.42=82.10. v^=i20-i=ii9

(102.91)2+型型 + 竺笑 + 摯1_876.42 = 32.16

30 30 30

切・I内SS组内=82・10-32・16 = 49・94 = 120-4 = 116 必%间=竽=10・72, M%内-

e 叫 24.93

49 94

-^ = 043, 116

043

方差分析表见表4-5 6

表4・5例4・2的方差分析表 变异来源 总变异 组间 组内 按 vi=3.

0.01。

自由度 119 3 116 SS MS F P <0.01 82-10 32-16 49・94 10.72 24.93 0.43 \"2=116 査附表 3 的 F 界值表,得 FO.OI.(3- 116)= 3.98. 24.93>Fo.ow-」则 P<

结论,按a = 0.05水准,拒绝尬.接受认为4个处理组患者的低密度脂蛋白 总体均数不全相等,即不同剂量药物对血脂中低密度脂蛋白降低有影响。

(1) SAS实现

SAS代码如下: data GX4_2; input X c @@; cards; 3.53 459 434 2.66 3-59

1 1 1 1 1

2.42 3.36 4.32 234 2,68

2 2 2 2 2

2.86 2.28 239 2.28 2.48

3 3 3 3 3

0.89 1.06 1.08 1.27 1.63

4 4 4 4 4

3.13 1 2.95 2 2.28 3 1.89 330 1 236 2 3-48 3 131 4.04 1 2.56 2 2.42 3 251 3.53 1 2.52 2 2.41 3 1.88 3.56 1 2,27 2 2.66 3 1.41 3.85 1 2.98 2 3.29 3 3.19 4.07 1 3,72 2 2.70 3 1.92 137 1 2.65 2 2-66 3 0.94 3.93 1 2.22 2 3.68 3 2・11 2.33 1 2.90 2 2.65 3 2,81 2.98 1 1.98 2 2.66 3 1.98 4.00 1 2.63 2 232 3 1.74 3.55 1 2.86 2 2.61 3 2.16 2.64 1 2.93 2 3.64 3 3.37 2.56 1 2.17 2 2.58 3 2.97 3.50 1 272 2 3.65 3 1.69 3.25 1 1.56 2 3.21 3 1.19 2.96 1 3.11 2 2.23 3 2.17 430 1 1.81 2 2.32 3 2.28 3.52 1 1.77 2 2.68 3 1.72 3.93 1 2.80 2 3.04 3 2.47 4.19 1 3.57 2 2.81 3 1.02 2.96 1 2.97 2 3.02 3 2.52 4.16

1 4.02 2 1.97 3 2.10 2.59

1

231

2

1.68

3

3・71

proc anova;

class c; model x=c;

mean sc/dunnett; means c/hovtest; quit;

结果如下:

The ANOVA Procedure Class Level In formation Class

Levels Values

4

1234

Number of Observations Read

Number of Observations Used

SAS系统 The ANOVA Procedure Dep endent Variable: x

4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4

120

120

Sum of

Source Model

DF

Squares

32.15603000

Mean Square 10.71867667

F Value 24.88

Pr>F <0001

Error

116 49.96702000 0.43075017

Corrected Total

119

82.12305000

R-Square Coeff Var Root MSE X Mean 0391559

24.28550

0.656316

2.702500

Source DF Anova SS Mean Square F Value 32.15603000

10.71867667

24.88

SAS系统 The ANOVA Procedure

Dunnett^s t Tests for x

NOTE: This test controls the Type I experimentwise error for comparisons of all treatments

against a control.

Alpha

0.05 Error Degrees of Freedom 116 Error Mean Square

0.43075 Critical Value of Dunnett's t

2.38017

Minimum Significant Difference

0.4033

Comparisons significant at the 0.05 level are indicated by ***

Difference

Between

Simultaneous 95% Comp arison Means Confidence Limits 2-1 -07150 -1.1183 -03117 ** * 3-1 -07323 -1.1357 03290 ##* 4-1

-1.4640

-1.8673

-1-0607

##*

SAS

系统

The ANOVA Procedure

Levene's Test for Homogeneity of x Variance ANOVA of Squared Deviations from Group Means

Sum of Mean

Source

DF

Squares Square F Value

Pr>F 1.5906

0.5302 135

0.2629

Error

116

45.6882

0.3939

SAS

系统

Pr>F <.0001

The ANOVA Procedure

Level of

c

N

Mean

X

Std Dev

1

30 30 30 30

3.43033333 2.71533333 2.69800000 1.96633333

071512470 0.63815863 0.49716715 074644206

2

3

4

(2)

STATA实现

.oneway ldl_c group, t

1

group 1

1 11 2 1 3 1 4 1 1

Total 1

Summary of ldl_c

Mean Std・ Dev, Freq.

3. 1303333 2. 7153333

• 71512472 .63815865

30

30

2. 698 .49716717 1.9663333

• 71644206

30

30

2・ 7025 •83072841 120

Analysis of Variance

Source

SS

df

MS

F

Prob > F

Between groups Within groups

32.1560309 ■19,967022

3 116

10.718677 .43075019

24.88

0. 0000

Total 82.1230529 Bartlett* s test for equal variances:

119

・ 690109688 chi2(3) = 5.2192 Prob>chi2 = 0.156

例4-4

某研丸者采用随机区组设讣进行实验,比较三种抗癌药物对小白鼠肉瘤的抑瘤效果,先

将15只染有肉瘤小白鼠按体重大小配成5个区组,每个区组内3只小白鼠随机接受三种抗

癌药物(具体分配方法见例4-3).以肉瘤的重量为指标,实验结果见表4・9。问三种不同药

物的抑瘤效果有无差别?

表4・9三种不同药物作用后小白鼠肉瘤重M (g) 区组

1 2 3 4 5 ZX” /-I &

A药 0・82 0.73 0,43 0,41 0・68 3.07

B药 0,65 0,54 0,34 0,21 0,43 2,17

C药 0.51 0.23 0.28 0.31 0・24 1・57

2X# (-1

1,98

1,50

1,05

0,93

1,35

6,81

0.614 2.0207

0,434 1,0587

0314 0.5451

0.454 3.6245

(X)

2 工

>-1

Ho:

即三种不同药物作用后小白鼠肉瘤重量的总体均数相等

H1:三种不同药物作用后小白鼠肉瘤重量的总体均数不全相等

a = 0.05

按表4・8中的公式讣算各离均差平方和SS・自由度5均方MS和F值。

C = 6・812/15 = 3・O917

SS总=3.6245-3・0917=0.5328,匕站 15 -1=14 SS处理=-(3.07^ + 2.17-+ 1.57-)-3.0917 = 0.2280

豺处理=3 — 1 = 2

SS 区组=-(1.982 + 1・5O2+ 1.052+0.932+ 1・352)-3・0917 = 0.2284

呛组=5 — 1=4

SS 误差=0.5328 - 0.2280 - 0.2284 = 0.0764

伽=(5-1)(3-1) = 8

方差分析表见表4・10。

表4-10例4-4的方差分析表

变界來源 总变界 处理间 区组间 误差

自由度

14 2 4 8

SS

MS

F

P

05328 0.2280 0.2284 0.0764

0・ 1140 0・ 0571

1L8S 5.95

<0.01 <0.05

0・ 0096

按y2、”2=8 査附表 3 的 F 界值表,得 FogR 81=4.46, Fo^oijz- 8)= 8.65. 11.88>fo,oi,(2- 少PVO.Ol。按a = 0.05水准,拒绝Ho,接受尬•认为三种不同药物作用后小白鼠肉瘤 重量的总体均数不全相等•即不同药物的抑瘤效果有差别。

(1) SAS实现

SAS代码如下:

data ex4_4; input X a b @@; cards; 0.82 1 0.73 1 0.43 1 0.41 1 0.68 1 0.65 2 0.54 2 034 2

3

0.212 0.43 2 0.513 0.23 3 0.28 3 0313 0.24 3

4 5 1 2 3 4 5

proc anova; class a b; model x=a b; mean sa/snk; quit;

1 2 3 4 5 1 2

结果如下:

The ANOVA Procedure Class Level In formation Class

Levels Values

3

123

Source a b

DF 2 4

Anova SS 0.22800000 0.22836000 SAS系统

Mean Square 0.11400000 0.05709000

F Value 11.94 5.98

Pr>F 0.0040 0.0158

12345

Number of Observations Read Number of Observations Used

SAS 系统 The ANOVA Procedure

15 15

Dep endent Variable: x

Sum of

Source Model Error

Corrected Total

DF

Squares 0.45636000 0.07640000

14

Mean Square 0.07606000 0.00955000 0.53276000

F Value

7.96

Pr>F 0.0050

R-Square

0.856596

Coeff Var 21.52513

Root MSE 0.097724

X Mean 0.454000

The ANOVA Procedure Student-Newman-Keuls Test for x

NOTE: This test controls the Type I experimentwise error rate under the complete null hypothesis

but not under partial null hypotheses.

Alpha

Error Degrees of Freedom Error Mean Square

Number of Means Critical Range

0.05

0.00955

0.1425252 0.1766076

Means with the same letter are not significantly different.

SNK Grouping Mean

0.61400

0,43400

031400

(2) STATA 实现

・ tab treaty sum(weight)

Summary of weight

treat |

T ・ 11

Mean Std・ Dev,

Freq.

.614 .434 .314

• 18-120098

5

2 1 3 1

.17096783

5

.11414902

5

Total 1 .454

.19507508

15

anova weight

treat group

Number of obs

15

=•097724

R\"squared Adj R-squared

=0,8566 =0.7190

Root USE

Source | Partial SS

t

df MS F Prob > F

• \"

T1

treat group

1 1

• 456359996 6 ・ 076059999 7.96 0. 0050

.228000009 • 228359987

2 • 111000005 4 • 057089997

11, 91 5.98

0, 0010 0. 0158

Residual

.076100007 -• 532760003

8 • 009550001

• T\"

1-1 • 038054286

Total

例4-5

某研丸者为了比较甲、

乙、丙、丁、

戊、 己6种药物给家兔注射后产生的皮肤疱疹大

小(mmJ,采用拉丁方设计,选用6只家兔、并在毎只家兔的6个不同部位进行注射。实 验结果见表4-11,试作方差分析。其设计步骤如下:

(1)本研究药物是处理因素,家兔和部位是减少实验误差的控制因素,这三个因素的

水平数都为6。从专业上判断因素间相互作用的影响可忽略,故可选择拉丁方设讣。

(2) g=6・选世6x6基本拉丁方♦

(3)行区组代表不同的家兔,列区组代表不同的注射部位,拉丁字母代表不同的药物。 (4)为了达到随机化的目的,即获得随机排列的拉丁方,需对6x6基本拉丁方(见本

章最后)做行列变换。先做行变换,如读取6个两位数的随机数,22. 06. 34, 72, 52,

82,再按照大小得秩次/?=2, 1. 3, 5. 4, 6.先1, 2行对调,再3. 5行对调,后4. 6行

对调。再做列变换,如读取6个两位数的随机数,27, 29, 99. 72, 68, 53,则2, 6.

5, 4, 3.先1, 2列对调,再5, 6列对调,后3, 4列对调。最后随机分配处理/如读取6

2, 6.于是有D (甲人E (乙)、 个两位随机数,35, 56, 27, 09, 24, 86,则加4, 5, 3,

C (丙人A (丁人B (戊人F (己)。具体过程如下: A B C D E F B C D E F A 1,2行 C D E F A 6 对调

D E F A B C E F A B C D F A B C D E B C D E F A 4. 6 行 A B C D E F 对调 E F A B C D F A 6 C D E C D E F A B D E F A B C C B D E A F B A C D F E F E A 6 D C A F B C E D D C E F 6 A

E D F A C B

B C D E F A B C D E F A A B C D E F 3. 5行

对调

A B C D E F C D E F A B E F A B C D D E F A B C D E F A B C E F A B C D C D E F A B F A B C D E F A 6 C D E C B D E F A r 2列

B A C D E 5- 6列

对调

F 对调

F E A B C D A F B C D E D C E F A B E D F A B C C B E D A F 3. 4列

B A D C F E 对调

F E B A D C A F C B E D D C F E B A E D A F C B 由此得到本例的拉丁方设计,该研究者依此安排实验.尖实验结果(皮肤疱疹大小,

mm2)见表 4-llo

表4・M 例4・5的拉丁方设讣与实验结果(皮肤疱疹大小,mmJ

家兔编号 (行区组)

1 2 3 4 5 6

1 C (87) B <73) F (73) A (77) D (64) E (75)

注划部位编号(列区组)

2 B (75) A <81> E (73) F <68) C (64) 0 <77)

3 E <81) D (87) B (74) C (69) F (72) A (82)

4 D (75) C (85〉 A <78) B <74) E (76) F (61)

5 A (84) F (64) D <73) E (76) B (70) C (82)

6 F (66) E <79> C <77) D (73) A (81) B (61)

行区组 合计

(Rj)

468.0 469.0 448.0 437.0 427.0 438.0

78.0 78.2 74.7 72.8 71.2 73.0

列区组 合计(C)

X,.

449.0

438.0

465,0

449.0

449,0

437.0

74,8 0 449.0 74.8

73.0 E 483.0 80-5

775 C 464,0 77,3

74・8 A 483.0 80,5

74,8 B 427,0 71,2

72.8

药物 合汁

F 404.0

X =74.6

67.3

分析步骤

Ho,i: “A = “B = Ac = “D = “E = “F,即6种药物注射后家兔产生皮朕疱疹大小

的总体均数相等

Hi,i: 6种药物注射后家兔产生皮扶疱疹大小的总体均数不全相等

a = 0.05

Hg = PR、= “陶== /仏=HP 6只家兔皮朕疱疹大小的总体均数

相等

Hv: 6只家兔皮肤疱疹大小的总体均数不全相等

a = 0.05

Hg “G = Pg = Pj = Pj = “G = \"q,即6个注射部位皮肤疱疹大小的总体

均数柑等

尬少6个注射部位皮肤疱疹大小的总体均数不全相等

据例4・5的结果表4-11,按表4・12中的公式il•算各离均差平方和SS、自由度卩、均方

MS和尸值.讣算过程从略•将计算结果按表4・12汇总,得方差分析表,见表4・:13。

表4・13例4・5结果(表4-11)的方差分析表

变片來源 总变界 药物间 家兔间 部位间

自由度

35 5 5 5 20

SS

MS

F

P

1686.30 657.336 251.663 65337 703.358

131.467 50.333 13.067

3,74 1,43 0,37

<0,05 >0,05 >0.05

误差

35・16

按 呦弭=5,匕产20 査附表 3 的 F 界值表・ FO.O5』5. 20)= 2.71, FoaQ・ 2o)=4・10o 3.74

>FO,O5,|5- 20J- PV0.05,按a = 0.05水准,拒绝Hoy接受即6种药物注射后家兔产生

皮肤疱疹大小的总体均数不全相等Q l・430.05,按a = 0.05水准•不拒绝

HOQ还不能认为6只家兔皮肤疱疹大小的总体均数不全相等J 0.37O・O5,

按a = 0.05水准,不拒绝Hoy还不能认为6个注射部位皮肤疱疹大小的总体均数不全相 等。本例的研究目的是推断6种药物注射后家兔产生皮肤疱疹大小的差别,所以主要关心F 阿的大小,结论为皮肤疱疹大小与药物有关。

(1) SAS实现

SAS代码如下:

data ex4_5;

inp ut r c 2 X; cards; 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 3 3 3

2 3 4 5 6 1 2 3

1 4 3 6 5 6 5 2

81 87 85 64 79 73 73 74

1 2 3 4 5 6 1

3 2 5 4 1 6 2

87 75 81 75 84 66 73

78 73 77 77 68 69 74 76 73 64 64 72 76 70 81

1 5 75 2

4 77

1 82 6 61 3 82 2 61

proc anova; class rCH; model x=r c z; quit;

结果如下:

The ANOVA Procedure

Class Level In formation

Class Levels Values

123456

123456

123456

Number of Observations Read Number of Observations Used

SAS系统 The ANOVA Procedure

36 36

Dependent Variable: x

Sum of

Source

DF

Squares

Mea n Square

F Value

Pr>F

Model Error

15 20

999359524 686.946032

66.623968 34347302

1.94 0.0831

Corrected Total 35 1686.305556

R-Square Coeff Var Root MSE 0.592633

7.852015 5.860657 Source DF Anova SS Mean Square r 5 250.4722222 50.0944444 c

5 81.7484127 16.3496825 2

5

667.1388889

133,4277778

(2) STATA 实现

.tabstat outcome, by(treat)

stat(n mean sd)

Summary for variables: outcome

by categories of: treat

treat 1

X

mean

sd

•中

1

1

6 80,5 2. 588436 2 1 6 7L 16667 5. 269109 3 1 6 77.3333S 9・ 179688 4 1 6 74.S333S 7. 110878 5 I 6 76, 66667

2.875181

6 I 6

67,33333 4.633213

1 Total

+ - 1 36 74.63889 6・ 911193

1 .tabstat outcome, by(row) stat(n mean sd)

X Mean

74.63889

F Value 1.46 0.48 3.88

Pr>F

0.2473 0.7898 0.0127

Summary for variables:

outcome row

mean

sd

by categories of: row 1

X

11 2 1 3 1 4 1 5 1 6 1

6 78 7. 589466

& 195097 2. 250926 3. 6560-15 6・ 705719 9・ 69536

6 7& 16667 6 74.66667 6 72.S3333 6 7L 16667 6

73

Total 1 36 74.63889 6・ 911193

.tabstat outcome, by(col) stat(n mean sd)

Summary for variables: outcome

by categories of: col

col 1

T • 11 2 1 3 1 4 1 5 1 6 1

X mean sd

6 74.83333 6

7. 410878

73 6・ 164411

& 858679

7 75,11286 5

77.6 4.393177

7. 494442 7.S59177

6 7LS3333 6 72.83333

Total 1 36 74.63889 6・ 911193

.anova outcome treat row col

Number of obs = Root HSE

36

=5・ 93025

R\"squared 0, 5829

Adj R\"squared = 0.2701

Source Partial SS df

Model 1 982947661 MS

15 65, 5298411

1.86

Prob > F

0965 0.

treat row 1 col

657. 336272 25L 662939 65. 3365197

5 131. 467254 5 50, 3325877 5 13・ 0673099

3.74 L 43 0,37

0. 0119 0. 2561 0. 8621

Residual 703.357895

20 35. 1678947

Total 1686,30556

35 48.1801587

例4\"6

表4-14是A、B两种闪烁液测定血浆中9H・cGMP的交叉试验结果。第I阶段1. 3、4、

7、9号用A测圧,2、5、6、8、10号用B测定:第II阶段1. 3、4、7、9号用B测世,2、 5、6、8、W号用A测企

Q试对交叉试验结果进行方差分析。

表4・14两种闪烁液测泄血浆中,H・cGMP的交叉试验

受试者 ・ I

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10

A <760) B <860) A <568) A <780) B <960) B <940) A (635) B <440) A (528) B <800> 51=7271 11=7289

阶 段

II B (770) A (855) B (602) B (800) A (958) A (952) B (650) A (450) B (530) A (803) 52=7370 12=7352

合讣

6; 1530 1715 1170 1580 1918 1892 1285 890 1058 1603 14641( SX)

各阶段合计

A、B 合 ll'

Ho: “A=“B

a = 0.05

(工X)2 _ 14641-

C=—用

20~ =10717944.05

\"ZX —C =7602+7702+…+8032-10717944.05=552194.95

⑺ 一^)2 _ (7289-7352)-

SS 媲《= N —

on

=198.45

20

(5-5^/ _ (7271-7370)2

5SifR«= 卫 — 575

=490.05

20

碍树夢一 C = 15302+1715;+…+1603?卫”會a

=551111.45

SS =SS 总—SS 阿—SS Hft w —SS 心昭=395.OO

将以上结果列成方差分析表,见表4・:15

表4-15例4-6的方差分析表

变界來源 总变并

A、B处理间 I、11阶段间

自由度

19 1 1 9 8

SS

MS

F

P

552194.95

198.45 490.05 551111,45

395.00

198.45 490,05 61234,61

4,02 9,92 1240.07

>0.05 <0,05 <0,01

受试者间

iM差

49.38

结论:①还不能认为A和B两种闪烁液的测世结果有差别;②可认为测总阶段对测 定结果有影响:③可认为齐受试者的^H-cGMP值不同。交叉试验主要关心A、B处理间的 差别,I、H阶段和受试者间通常是己知的控制因素。

(1) SAS实现

SAS代码如下:

data ex4_6;

input r time treat x @@;

cards;

1

2 3 4 5 6 7 8

9

1 2 1 1 2 2 1 2 1 2 2 1 2 2 1 1 2 1 2

1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2

760 860 568 780 960 940 635 440 528 800 770 855 602 800 958 952 650 450 530

10 1 2 3 4 5 6 7

8 9

10 1 2 803

proc anova; class r time treat; model x=r time treat; quit;

结果如下:

The ANOVA Pro cedure

Class Level Information

Class Levels 10 time treat Number of Observations Read

Number of Observations Used

SAS系统

The ANOVA Procedure

Dep endent Variable: x

Sum of Source

Model

Error

Corrected Total

R-Square

Coeff Var 0.999285

0.959871

Values

123456789 10

12

12

20 20

DF Squares Mean Square 11 551799.9500 50163.6318 395.0000 493750

19 552194.9500

Root MSE X Mean 7.026735

732.0500

F Value Pr>F

<.0001

1015.97 Source DF Anova SS Mean Square F Value Pr>F

r time

9 1 1

551111.4500

198.4500 490.0500

61234,6056 198.4500 490.0500

1240.19 4.02 9.93

<,0001 0.0799 0.0136

treat

(2) STATA 实现

.anova x treat phase person

Number of obs = 20

=7.02673 df

MS

R^squared Adj R\"squared =

F

0,9993 0, 9983 Prob > F

Source

Root MSE Partial SS

Model 551799. 95 11 50163.6318 1015,97 0, 0000

treat phase person

198・ 45 490. 05 551111.45

1 1

19& 45 490.05

4.02 9,93 1210.19

0, 0799 0, 0136 0. 0000

9 6123-L6056

Residual

395

8

19. 375

Total 552191 95 19 29062.8921

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