公司做股东和自然人做股东的区别是权利义务行使承担方式不同、构成形式不同，具体如下：
1、权利义务行使承担方式不同。自然人股东是相对法人股东而言的，是具有公民身份的个人投资者，在他进行公司的投资以后通过公司所在地的工商局注册，进行公司股权登记，就成为自然人股东。自然人是基于自然出生而依法在民事上享有权利和承担义务的个人。法人股东是一个组织，其权利义务的行使承担，后果由组织承担。
2、构成形式不同。自然人股东为个具体的人，个人享有并直接行使股东权利。法人股东也称单位股东是一个组织，作为抽象的依法拟制的实体，需通过具体人的行为来完成，方式为派出股东代表，凭授权委托手续代表其完成。
自然人股东和法人股东权利如下：
1、股东身份权；
2、参与决策权；
3、选择、监督管理者权；
4、资产收益权；
5、退股权；
6、知情权；
7、提议、召集、主持股东会临时会议权；
8、优先受让和认购新股权；
9、以自己名义向侵犯公司或股东利益的人提起诉讼；
10、分配公司利润，取得公司剩余财产。
综上所述，股权交易各方在签订股权转让协议并完成股权转让交易以后至企业变更股权登记之前，负有纳税义务或代扣代缴义务的转让方或受让方，应到主管税务机关办理纳税（扣缴）申报。
【法律依据】：
《中华人民共和国公司法》第二十条
公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。
公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。
公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。
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