故意伤害案证据不足的处理有：
1、公安机关在侦查阶段发现证据不足的，可以补充侦查；
2、人民检察院在审查案件阶段发现证据不足的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。二次侦查后仍然证据不足的，依法作出不起诉的决定；
3、被告人最后陈述后证据不足的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
【法律依据】
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百条
在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
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