法律分析：工程款处理方法如下：
1、可以起诉。债务人合同欠款超过两年的，并不意味着诉讼时效已经超过两年。诉讼时效中止或者中断的，可以在诉讼时效内。超过诉讼时效的，债权人仍有权向法院起诉，法院人民仍应当正常受理。债务人在诉讼中未抗辩诉讼时效的，法院不会主动审查诉讼时效，债权人仍可胜诉；
2、作为债权人，首先要判断是否超过诉讼时效。超过时效的，可以主动与对方协商，双方达成新的还款协议，确定诉讼时效，解决超过诉讼时效的法律障碍。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第三十条 用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
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