spm手册

现在就发个给大家，这是一个非常入门级的手册，有问题请在下面跟贴 。 另外，准备写点关于fMRI的东西，希望大家给点idea！见

http://www.dxy.cn/bbs/post/iew?bid=&id=5188803&sty=1#5188803

SPM软件说明.rar (156.84k)spm坐标变换程序，里面是mni2tal和tal2mni两个matlab小程序。

这是两个M文件，在matlab下，具体实用方法，见下：

1。在matlab中把两个程序的路径加到matlab的path中，然后sae，close。 2。在matlab的command窗口中输入mni2tal([10 2 2])后，结果如下 ans =

9.9000 2.0295 1.7407

这就是转换以后的talairach坐标。 同理，tal2mni也是一样的用法。

spm_coordinate.rar (0.94k)占位贴占位贴下载了，对于我这样的入门级选手已经够用了！请版主给加分！请问楼主，您用的什么机子做的fMRI？我用GE1.5T做的，图像要怎么处理才能转成analyze格式的，我用了MRIcro和MRIconert转都不行啊，谢谢！我用的也是GE 1。5T，

如果你用的是spm99，那么就必须要有MRIcro这个软件，方法见下；如果你用的是spm2或spm5b，那么就简单的用spm2 toolbox里的dicom这个插件就行了，不必使用MRIcro或是用spm5里的dicom import按钮来转换。 mricro使用简单步骤

1。点\"Import/conert foreign to analyze\在出现的对话框中，number of files为你的数据的总文件数，slice increment＝1，olume increment＝0，olumes为你的实验的olume数。填好后，先点design，后点select，然后选中你的数据的第一个文件。然后保存。

2。点\"file/open\"，打开刚才保存的img文件。

3。点\"file/sae as ...[rotate/clip/format/4D->3D]\然后点击“sae intel”。即可 这样保存后的文件就是analyze格式的了。非常感谢您的回答！我用SPM转数据时老是不成功，而且特别慢，今天下午又试了一下MRIcro，可以了，但又很多疑问，

1、我一共128个时间点，但为什么在最前面还有个没有编号的head文件和ima文件呢，即转过来的有129个head和img，我的理解是没有编号的那两个文件是转的时候保存的第一个文件，是没有用处的，对吗？

2、还有就是3d像和se像怎么设olume数呢？只有EPI像有olume数啊？ 3、在用MRIcro转换时，里面打勾的地方该怎么设，比如，flip left（right）等啊，我不知道该怎么设，不然就会无意识的把左右方向搞错！

期待回答，多谢！我是做fMRI的，用MRIcro转换原始图像，可每个olume内图像顺序都是乱的，用SPM2relign误差很大，您遇到过这种问题吗

用SPM2如何处理dicom文件用spm2转换是很容易的，您肯定是文件没有弄好，或者是别的什么原因。

1、你说那个的head和img文件就是在mricro转换中在sae之前的那个文件及其头文件，属中间文件，应该是没有用的，在spm中不要把它也选上，选了就不对了。我的经验是把它直接删掉，不要留着它，用时再用mricro转换。 2、我想你说的是T1象吧，这个就可以把T1这个序列的olume 数设为1，就

行了。

3、我的经验是把所有的钩钩去掉。bianka0830 wrote:

>您好，很多次得到您的解答真是非常感谢！前段时间去心理所上了课，回来自己做了，但遇到很多的问题，所以又麻烦您了！您也用的是GE的机子，那一个RUN总的时间是有一个TR的时间来决定的，还是有什么地方可以设的？听人说总得时间是要自己设的，但我们不知道在哪里设啊？好像我们设好TR和TE时间后，总时间自动出来了，比如，我们选择TR2000ms，总时间就自动为4分16秒，您能告诉在哪里有设总时间吗？因为我觉得我们那种方法肯定是不对的！，多谢！

总时间是与你实验的总olume数相关的，如果是128个olume那么总时间＝2×128＝256秒＝4分16秒。这个回答可以么？？？我想知道你所用的是什么样的机器，如果是GE的应该不会有这种可能，若是西门子的，那么如果你在mosaic上不打钩，那么转换后的图像就是顺序乱的。在这里可以简单的解释一下，由于信号采集的原因，通常的采集顺序是这样的（对于16层而言）：1 3 5 7 9 11 13 15 2 4 6 8 10 12 14 16

这样在每个olume中的矩阵就是这样的 1 3 5 7 9 11 13 15 2 4 6 8

10 12 14 16

而一般的GE的机器都会在你从工作站得到前给你做好了相应的转换，于是就得到了如下的矩阵 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16

而通常西门子的MR通常不给做转换。

简单的办法就是用MRIcro在转换之前看一下，用Open命令，看看每个olume中的图像是连续的还是交错的，就可以了。

附件中是最新的spm2的user guide，刚刚得到，大家看看吧！ SPM2_eng.pdf (237.25k)bianka0830 wrote:

>您好，很多次得到您的解答真是非常感谢！前段时间去心理所上了课，回来自己做了，但遇到很多的问题，所以又麻烦您了！您也用的是GE的机子，那一个RUN总的时间是有一个TR的时间来决定的，还是有什么地方可以设的？听人说总得时间是要自己设的，但我们不知道在哪里设啊？好像我们设好TR和TE时间后，总时间自动出来了，比如，我们选择TR2000ms，总时间就自动为4分16秒，您能告诉在哪里有设总时间吗？因为我觉得我们那种方法肯定是不对的！，多谢！

总时间是与你实验的总olume数相关的，如果是128个olume那么总时间＝2×128＝256秒＝4分16秒。这个回答可以么？？？

再次感谢aushikun，我的意思是在扫EPI之前设一些参数，如TR和TE等，我的1个run的总时间在哪里设？因为您用的GE的机子，所以情况肯定差不多。我的实验要求4分20秒，即260s，这个时间我不知道在哪里设，就没设，但我设好TR：2000ms时，参数下方自动出来4分16秒这个时间。这肯定是不对的，

但就是不知道在哪里设那个时间，多谢！water2：我是做fMRI的，用MRIcro转换原始图像，可每个olume内图像顺序都是乱的，用SPM2relign误差很大，您遇到过这种问题吗

用SPM2如何处理dicom文件 我用的是GE的机子，所以刚开始处理数据时也遇到很多的问题，后来只能用MRIcro转。用MRIcro转图像的步骤aushikun 战友已经说的很明白了，我就是按照他说的做的，最后一步时我刚开始选择的是以4d形式保存，所以出来错误的结果，不能选择4d！3d的两个选项好像都可以，只是文件名不同而已。还有如果你的机子的图像是间隔扫的，即interleae形式的，在spm中第一步

sliceing中会选择interleae就行了，程序会转过来的，你试试看看吧，你用display就可以看看你的图像是否完整，是否对。我这儿有个SPM2的英文说明书，我觉得写的很详细，解释的也很明白，版本好像和aushikun 传的不太一样，如果需要也可以上传。

中文说明书有一本印刷本，但没有电子版的，大概40多页，翻的不是很好，但对于初学者很有用，如果有需要的，我试试扫描或者用数码相机照下来！ 在北京学习过程中，觉得资源共享非常的重要，这样大家才能共同进步啊！to hmp33：打开MATlab后，把路径设到你要处理的数据的EPI目录下，在对话框中输入spm fmri，就会出现操作界面了，然后根据说明书一步步做，当然前提是你已经对fMRI的实验设计之类的有所了解！我是这样做的，所以不一定对，请aushikun指正！

还有在做的过程中发现要处理的数据只能放在根目录下，不然Matlab找不到，不知大家又没有遇到过相同问题？我是用的GE SIGNA,图像拷到硬盘上顺序没问题，20层X100olume,用ACDsee重命名也没问题。可第一步转换成一个img文件就乱了。我能发Email给你吗？你是用什么转换文件的啊？我用MRIcro没有重命名也可以转了啊谢谢帮助能发给我吗panchu◎21cn.com谢谢帮助能发给我吗panchu◎21cn.com用MRIcro啊。我有2000幅图像被RTIP装到三个序列里了。你有没有按照前面说的步骤转啊？ 要设好olume数

MRIcro会根据你的总图像数和olume数来分配你的图像啊是的呀。我的三个序列图像数分别是979，999，22。都以img1开头。你的是这样吗你的3个什么序列，你是分3个run做的？有qq？19255917一个RTIP序列做的，可工作站自动存在三个序列里。我的机器是GE 1.5T signa ci。

不好意思，我没有QQ。呵呵，有点奇怪！还没听过有这样的，这可能需要改名后放在一个文件夹里！不然SPM认不到你的100个olume的是的。你用MRIcro转换后是不是有128个img文件，每个文件里有扫描时设定的层数，而且是按顺序的？对，我是128个olume，所以转好后应该有128个img和128个head文件

head文件里包括许多的参数。其实也是在转是告诉MRIcro的，我输入总图像2304，还有设了多少个olome，所以你确定后，它会跳出一个提示让你确认！你看过每一个img文件里面的图像是按你扫描的顺序排列的吗？对啊，可以用spm_moie看一下嘛如果我没有理解错误，我想你的实验必须为4分20秒，那么这样话，一般来说，每个run都要有5个dummy acquisition，那么就是10秒，这样，剩下的就是4分10秒，你需要减少你的olume 数，即250÷2＝125个olume。

如果出去dummy不算，那么就是260÷2＝130olumes。

如果我理解不对，那么还请详细描述你的实验设计。water2战友：

rtip实际上并不是一个很好的东西，它对于大于1000的图像序列，就自动分割为另外一个序列，依次类推，如果可以，要向GE公司的人要求升级系统，升级后可以扫描任意图像数的序列。

如果不给升级，那么就必须要用改名软件来修改文件名后，再用mricro来转换，当然改名时还一定要小心呦！

可以发邮件到我的油箱：aushikun@gmail.comspm2的说明应该不会说适用于Matlab5。3 和6。0，即使是6。1都不行，必须是6。5以上，matlab7在我的机子上与spm2兼容性好。不好意思，我这两天在给儿子过生日，今天刚打开电脑。对于你的问题，，我想周一应该给你看看机器的设置，在我印象中好像就是简单的告诉MR scaner，TR和总的olume数就可以得出总的扫描时间。

朋友，能否给我也看看你的Talairach图谱呀？我的qq：325375看看2楼的东西是否是你需要的！aushikun老师：

1、对于机器设置得问题，我就是找不到设置olume数或总时间得地方，您能告诉在哪设olume数吗？非常感谢！

2、还有您上面说得坐标转换后能按Brodmannn分区吗？

3、如果处理有病得大脑，和处理正常大脑时有什么不同啊？是否都用自己得解剖像标准化和oerlay啊？那多个人之间怎么比较呢？

4、在oerlay时，我发现我选择slice和section时激活区得位置左右是相反得，但在文献上看别人得文献是一致得，所以不知道哪里错了，我处理得两个数据都有这样得问题？

至于那个图谱，我发到您得信箱吧！但不一定有用！望查收！我今天处理数据时发现GE得图像也是间隔扫描得啊，用dicom格式看时图像是正得，但为什么转成analyze时，图像就会间隔呢，然后用display看时，数据是不完整得，请问aushikun老师怎么解决这个问题？多谢！我已经解决了。在MRIcro的第一步，把Sort using DICOM index钩上即可我也发现了这个问题，后来试着打勾就好了，但是flip left/right那个勾要不要打上呢，今天我处理数据时发现左右是反的啊，您还有什么新发现？最近这个话题怎么没人讨论啦，非常希望能多看到一些关于脑功能成像方面的讨论！请问aushikun老师：

我得实验是这样得，block设计，左手运动、静止、右手运动，如果condition设为二，那么最后define contrat时，我该怎么设，因为说明上说，总数加起来要为0

我原来把rest作为一种condition时，左手运动于静息得得T检验，设为1 0 －1 0，现在不把rest作为一种condition，我要看左手运动得激活区域，那么我该怎么设呢？

还有我现在在网上下载了olume one ，但那个插件老下载不下来，能否传给我一个啊，有没有说明olume one处理数据得过程得说明书啊？非常得感谢！bianka0830 能发给我吗？谢谢

ylr737@163.com同志们，中国人的头颅和西方人有差异，如何校正。bianka0830 wrote:

我这儿有个SPM2的英文说明书，我觉得写的很详细，解释的也很明白，版本好像和aushikun 传的不太一样，如果需要也可以上传。

中文说明书有一本印刷本，但没有电子版的，大概40多页，翻的不是很好，但

对于初学者很有用，如果有需要的，我试试扫描或者用数码相机照下来！ 在北京学习过程中，觉得资源共享非常的重要，这样大家才能共同进步啊！ 谢谢！能传给我吗，现在急需susan33399@sohu.com非常感谢

成立脑功能经验交流探讨小组，qq群为193555。欢迎大家加入讨论。

小弟用spm2做自己的课题。遇到几个问题： 1 如何获得激活区的cluster数

2 有没有软件，给出tal坐标，就给出解剖位置。 3 contrast的t检验和f检验。有没有差别。

听北师的老师讲课，说是用几个量，去解释一个量，正好符合F检验。 请各位高手赐教。楼主人太好了。解决了我很大的问题。

我刚开始做fMRI，不懂的问题很多。希望以后有机会再向楼主大人请教。1 在result界面中点击olume，就可以得到了，自己研究研究吧！olume中的结果是非常非常重要的，应该重点研究！

3 我想学过统计的人都应该明白t test和F test的区别：t是用来对两者之间进行比较；F是对多者进行比较，其中任意两者有无显著性差异。

我想园子里应该有不少人懂spm，为何没人回答问题呢？一个人的力量是有限的。各位老师我最近正在做脑功能相关课题，苦于不会是用SPM、AFNI等后处理

软件，希望能得到更详细系统的说明！！！

另外有人使用西门子的机器么，西门子（AANTO 1.5T）的BOLD图像为什么会把头的36个断层图像放在一个DICOM原始图中，机器上浏览到的就是那个样子，不知在后处理时，如何设置参数！？

bianka0830:你能给我一个你的中文说明吗?dai.xian.feng@163.com

万分感谢！！！有没有软件，输入talrach坐标，就能给出是哪个脑回。中文说明感觉用处不大，这里讨论的基本都是FMRI，针对于PET好像不多。talrach demon 软件

你应用T2模板得到的是MNI模板，尚需要有个转换才可以关于SPM2得到激活区后定位的问题，恳请哪位高手详细讲讲，要用哪些软件？具体步骤怎样？万分感谢！wo xu yao spm2

dyp5516@msn.comhuashan608 wrote: talrach demon 软件

你应用T2模板得到的是MNI模板，尚需要有个转换才可以 关于SPM2得到激活区后定位的问题，恳请哪位高手详细讲讲，要用哪些软件？具体步骤怎样？万分感谢！

对于激活坐标的定位问题有两种方法，如果你只是想大概的看看激活脑区的话，可以利用SPM中的AAL这个小TOOLS，它可以很快给你看看脑区的激活情况，不过这个结果不能写文章，只能给你说明你所作的统计的正确性而已！

另外你在下载一个软件叫xjiew的软件，非常好用，对于查找坐标以及定位等不问题不需要编程的，一次搞定的！

斑竹！能给我加一分不？water2 wrote:

我已经解决了。在MRIcro的第一步，把Sort using DICOM index钩上即可 我也发现了这个问题，后来试着打勾就好了，但是flip left/right那个勾要不要打上呢，今天我处理数据时发现左右是反的啊，您还有什么新发现？

不要转换了，因为医学上面习惯上把左、右颠倒，在SPM中有一步会自动 将左右转换过来，所以MRIcro中就不需要转换了。终于有高手肯指点了，先谢一个。

能讲详细点吗？关于软件的下载和用法。我已经快走投无路了。能 传给我一份吗？我的邮件是duhanjian@sohu.com 谢谢了mridoctor

我用的机器和你一样，西门子的AANTO 1.5T

这种把所有层面放在同一个图像里称为MOSIC格式，个人认为比分开放有优势，可以节约空间，并减少文件数量。

我使用的是AFNI，对SPM只是了解一点。我所知道的是AFNI和SPM对本机器的图像识别是很好的，按照说明的要求去转换就行了。我原来用GE公司的机器的时候也出现过这样的问题，后来发现有个Sorting using dicom data钩钩一定要钩上。我的具体步骤是这样的（我的是8个层面，128个olume，共1024个图片）：

MRIcro处理DICOM数据

1．Import->open foreign--------- Import->display header-----找到slice location=-22.84781265-------再打开后一个文件，找到slice location ;如果不一样，说明文件是按扫描时间排的，而不是按扫描位置排的-------

2．Import→coert foreign to analyze→number of files: 1024, slice Increment: 1, olume increment: 0, olumes: 128 (1024/8)[T1结构像number of files: 8, olumes: 1]→点design 看文件是不是按每8个组成一个olume→√Autodetect Mosaics, √sort using DICOM data, not filename, √open sequential files: ignore filename→select→OK→图像所在文件夹→选取第一张→打开→取名(如run1.hdr)→保存在run1目录下→sae→File: open image [Analyze or oxBo] (run1.hdr)→open→OK→检查一下图像的顺序→File: sae as [rotate/clip/format/4D→3D]→sae [intel]→segment [File001, File002]→保存

我手头还有一个Talaraich坐标定位的软件，自己用起来感觉不错，上传在附件中，希望对有这些问题的站友能有所帮助。使用时可能还要先下载一个Jaa runtime软件。

我也是初学fMRI，希望能有更多交流机会，见到更多好贴。另外，能否请bianko0830站友给我也发个SPM的说明，英文的也可。yongming-wu@163.com TDClient.part01.rar (490.0k)第二部分 TDClient.part02.rar (490.0k)第三部分 TDClient.part03.rar (490.0k)第四部分 TDClient.part04.rar (490.0k)第五部分

TDClient.part05.rar (114.84k)初来乍到，能传给我一份吗？下载了，对于我这样的入门级选手已经够用了！请版主给加分！mridoctor 我用的机器和你一样，西门子的AANTO 1.5T

这种把所有层面放在同一个图像里称为MOSIC格式，个人认为比分开放有优势，可以节约空间，并减少文件数量。

我使用的是AFNI，对SPM只是了解一点。我所知道的是AFNI和SPM对本机器的图像识别是很好的，按照说明的要求去转换就行了。 aslipper你好！

如果你能看到此条留言的话，方便时与我联系

（dai.xian.feng@163.com），我想和你交流一下ａｆｎｉ处理ｆｍｒｉ数据的问题！ 谢谢! 免责声明

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