现在就发个给大家,这是一个非常入门级的手册,有问题请在下面跟贴 。 另外,准备写点关于fMRI的东西,希望大家给点idea!见
http://www.dxy.cn/bbs/post/iew?bid=&id=5188803&sty=1#5188803
SPM软件说明.rar (156.84k)spm坐标变换程序,里面是mni2tal和tal2mni两个matlab小程序。
这是两个M文件,在matlab下,具体实用方法,见下:
1。在matlab中把两个程序的路径加到matlab的path中,然后sae,close。 2。在matlab的command窗口中输入mni2tal([10 2 2])后,结果如下 ans =
9.9000 2.0295 1.7407
这就是转换以后的talairach坐标。 同理,tal2mni也是一样的用法。
spm_coordinate.rar (0.94k)占位贴占位贴下载了,对于我这样的入门级选手已经够用了!请版主给加分!请问楼主,您用的什么机子做的fMRI?我用GE1.5T做的,图像要怎么处理才能转成analyze格式的,我用了MRIcro和MRIconert转都不行啊,谢谢!我用的也是GE 1。5T,
如果你用的是spm99,那么就必须要有MRIcro这个软件,方法见下;如果你用的是spm2或spm5b,那么就简单的用spm2 toolbox里的dicom这个插件就行了,不必使用MRIcro或是用spm5里的dicom import按钮来转换。 mricro使用简单步骤
1。点\"Import/conert foreign to analyze\在出现的对话框中,number of files为你的数据的总文件数,slice increment=1,olume increment=0,olumes为你的实验的olume数。填好后,先点design,后点select,然后选中你的数据的第一个文件。然后保存。
2。点\"file/open\",打开刚才保存的img文件。
3。点\"file/sae as ...[rotate/clip/format/4D->3D]\然后点击“sae intel”。即可 这样保存后的文件就是analyze格式的了。非常感谢您的回答!我用SPM转数据时老是不成功,而且特别慢,今天下午又试了一下MRIcro,可以了,但又很多疑问,
1、我一共128个时间点,但为什么在最前面还有个没有编号的head文件和ima文件呢,即转过来的有129个head和img,我的理解是没有编号的那两个文件是转的时候保存的第一个文件,是没有用处的,对吗?
2、还有就是3d像和se像怎么设olume数呢?只有EPI像有olume数啊? 3、在用MRIcro转换时,里面打勾的地方该怎么设,比如,flip left(right)等啊,我不知道该怎么设,不然就会无意识的把左右方向搞错!
期待回答,多谢!我是做fMRI的,用MRIcro转换原始图像,可每个olume内图像顺序都是乱的,用SPM2relign误差很大,您遇到过这种问题吗
用SPM2如何处理dicom文件用spm2转换是很容易的,您肯定是文件没有弄好,或者是别的什么原因。
1、你说那个的head和img文件就是在mricro转换中在sae之前的那个文件及其头文件,属中间文件,应该是没有用的,在spm中不要把它也选上,选了就不对了。我的经验是把它直接删掉,不要留着它,用时再用mricro转换。 2、我想你说的是T1象吧,这个就可以把T1这个序列的olume 数设为1,就
行了。
3、我的经验是把所有的钩钩去掉。bianka0830 wrote:
>您好,很多次得到您的解答真是非常感谢!前段时间去心理所上了课,回来自己做了,但遇到很多的问题,所以又麻烦您了!您也用的是GE的机子,那一个RUN总的时间是有一个TR的时间来决定的,还是有什么地方可以设的?听人说总得时间是要自己设的,但我们不知道在哪里设啊?好像我们设好TR和TE时间后,总时间自动出来了,比如,我们选择TR2000ms,总时间就自动为4分16秒,您能告诉在哪里有设总时间吗?因为我觉得我们那种方法肯定是不对的!,多谢!
总时间是与你实验的总olume数相关的,如果是128个olume那么总时间=2×128=256秒=4分16秒。这个回答可以么???我想知道你所用的是什么样的机器,如果是GE的应该不会有这种可能,若是西门子的,那么如果你在mosaic上不打钩,那么转换后的图像就是顺序乱的。在这里可以简单的解释一下,由于信号采集的原因,通常的采集顺序是这样的(对于16层而言):1 3 5 7 9 11 13 15 2 4 6 8 10 12 14 16
这样在每个olume中的矩阵就是这样的 1 3 5 7 9 11 13 15 2 4 6 8
10 12 14 16
而一般的GE的机器都会在你从工作站得到前给你做好了相应的转换,于是就得到了如下的矩阵 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16
而通常西门子的MR通常不给做转换。
简单的办法就是用MRIcro在转换之前看一下,用Open命令,看看每个olume中的图像是连续的还是交错的,就可以了。
附件中是最新的spm2的user guide,刚刚得到,大家看看吧! SPM2_eng.pdf (237.25k)bianka0830 wrote:
>您好,很多次得到您的解答真是非常感谢!前段时间去心理所上了课,回来自己做了,但遇到很多的问题,所以又麻烦您了!您也用的是GE的机子,那一个RUN总的时间是有一个TR的时间来决定的,还是有什么地方可以设的?听人说总得时间是要自己设的,但我们不知道在哪里设啊?好像我们设好TR和TE时间后,总时间自动出来了,比如,我们选择TR2000ms,总时间就自动为4分16秒,您能告诉在哪里有设总时间吗?因为我觉得我们那种方法肯定是不对的!,多谢!
总时间是与你实验的总olume数相关的,如果是128个olume那么总时间=2×128=256秒=4分16秒。这个回答可以么???
再次感谢aushikun,我的意思是在扫EPI之前设一些参数,如TR和TE等,我的1个run的总时间在哪里设?因为您用的GE的机子,所以情况肯定差不多。我的实验要求4分20秒,即260s,这个时间我不知道在哪里设,就没设,但我设好TR:2000ms时,参数下方自动出来4分16秒这个时间。这肯定是不对的,
但就是不知道在哪里设那个时间,多谢!water2:我是做fMRI的,用MRIcro转换原始图像,可每个olume内图像顺序都是乱的,用SPM2relign误差很大,您遇到过这种问题吗
用SPM2如何处理dicom文件 我用的是GE的机子,所以刚开始处理数据时也遇到很多的问题,后来只能用MRIcro转。用MRIcro转图像的步骤aushikun 战友已经说的很明白了,我就是按照他说的做的,最后一步时我刚开始选择的是以4d形式保存,所以出来错误的结果,不能选择4d!3d的两个选项好像都可以,只是文件名不同而已。还有如果你的机子的图像是间隔扫的,即interleae形式的,在spm中第一步
sliceing中会选择interleae就行了,程序会转过来的,你试试看看吧,你用display就可以看看你的图像是否完整,是否对。我这儿有个SPM2的英文说明书,我觉得写的很详细,解释的也很明白,版本好像和aushikun 传的不太一样,如果需要也可以上传。
中文说明书有一本印刷本,但没有电子版的,大概40多页,翻的不是很好,但对于初学者很有用,如果有需要的,我试试扫描或者用数码相机照下来! 在北京学习过程中,觉得资源共享非常的重要,这样大家才能共同进步啊!to hmp33:打开MATlab后,把路径设到你要处理的数据的EPI目录下,在对话框中输入spm fmri,就会出现操作界面了,然后根据说明书一步步做,当然前提是你已经对fMRI的实验设计之类的有所了解!我是这样做的,所以不一定对,请aushikun指正!
还有在做的过程中发现要处理的数据只能放在根目录下,不然Matlab找不到,不知大家又没有遇到过相同问题?我是用的GE SIGNA,图像拷到硬盘上顺序没问题,20层X100olume,用ACDsee重命名也没问题。可第一步转换成一个img文件就乱了。我能发Email给你吗?你是用什么转换文件的啊?我用MRIcro没有重命名也可以转了啊谢谢帮助能发给我吗panchu◎21cn.com谢谢帮助能发给我吗panchu◎21cn.com用MRIcro啊。我有2000幅图像被RTIP装到三个序列里了。你有没有按照前面说的步骤转啊? 要设好olume数
MRIcro会根据你的总图像数和olume数来分配你的图像啊是的呀。我的三个序列图像数分别是979,999,22。都以img1开头。你的是这样吗你的3个什么序列,你是分3个run做的?有qq?19255917一个RTIP序列做的,可工作站自动存在三个序列里。我的机器是GE 1.5T signa ci。
不好意思,我没有QQ。呵呵,有点奇怪!还没听过有这样的,这可能需要改名后放在一个文件夹里!不然SPM认不到你的100个olume的是的。你用MRIcro转换后是不是有128个img文件,每个文件里有扫描时设定的层数,而且是按顺序的?对,我是128个olume,所以转好后应该有128个img和128个head文件
head文件里包括许多的参数。其实也是在转是告诉MRIcro的,我输入总图像2304,还有设了多少个olome,所以你确定后,它会跳出一个提示让你确认!你看过每一个img文件里面的图像是按你扫描的顺序排列的吗?对啊,可以用spm_moie看一下嘛如果我没有理解错误,我想你的实验必须为4分20秒,那么这样话,一般来说,每个run都要有5个dummy acquisition,那么就是10秒,这样,剩下的就是4分10秒,你需要减少你的olume 数,即250÷2=125个olume。
如果出去dummy不算,那么就是260÷2=130olumes。
如果我理解不对,那么还请详细描述你的实验设计。water2战友:
rtip实际上并不是一个很好的东西,它对于大于1000的图像序列,就自动分割为另外一个序列,依次类推,如果可以,要向GE公司的人要求升级系统,升级后可以扫描任意图像数的序列。
如果不给升级,那么就必须要用改名软件来修改文件名后,再用mricro来转换,当然改名时还一定要小心呦!
可以发邮件到我的油箱:aushikun@gmail.comspm2的说明应该不会说适用于Matlab5。3 和6。0,即使是6。1都不行,必须是6。5以上,matlab7在我的机子上与spm2兼容性好。不好意思,我这两天在给儿子过生日,今天刚打开电脑。对于你的问题,,我想周一应该给你看看机器的设置,在我印象中好像就是简单的告诉MR scaner,TR和总的olume数就可以得出总的扫描时间。
朋友,能否给我也看看你的Talairach图谱呀?我的qq:325375看看2楼的东西是否是你需要的!aushikun老师:
1、对于机器设置得问题,我就是找不到设置olume数或总时间得地方,您能告诉在哪设olume数吗?非常感谢!
2、还有您上面说得坐标转换后能按Brodmannn分区吗?
3、如果处理有病得大脑,和处理正常大脑时有什么不同啊?是否都用自己得解剖像标准化和oerlay啊?那多个人之间怎么比较呢?
4、在oerlay时,我发现我选择slice和section时激活区得位置左右是相反得,但在文献上看别人得文献是一致得,所以不知道哪里错了,我处理得两个数据都有这样得问题?
至于那个图谱,我发到您得信箱吧!但不一定有用!望查收!我今天处理数据时发现GE得图像也是间隔扫描得啊,用dicom格式看时图像是正得,但为什么转成analyze时,图像就会间隔呢,然后用display看时,数据是不完整得,请问aushikun老师怎么解决这个问题?多谢!我已经解决了。在MRIcro的第一步,把Sort using DICOM index钩上即可我也发现了这个问题,后来试着打勾就好了,但是flip left/right那个勾要不要打上呢,今天我处理数据时发现左右是反的啊,您还有什么新发现?最近这个话题怎么没人讨论啦,非常希望能多看到一些关于脑功能成像方面的讨论!请问aushikun老师:
我得实验是这样得,block设计,左手运动、静止、右手运动,如果condition设为二,那么最后define contrat时,我该怎么设,因为说明上说,总数加起来要为0
我原来把rest作为一种condition时,左手运动于静息得得T检验,设为1 0 -1 0,现在不把rest作为一种condition,我要看左手运动得激活区域,那么我该怎么设呢?
还有我现在在网上下载了olume one ,但那个插件老下载不下来,能否传给我一个啊,有没有说明olume one处理数据得过程得说明书啊?非常得感谢!bianka0830 能发给我吗?谢谢
ylr737@163.com同志们,中国人的头颅和西方人有差异,如何校正。bianka0830 wrote:
我这儿有个SPM2的英文说明书,我觉得写的很详细,解释的也很明白,版本好像和aushikun 传的不太一样,如果需要也可以上传。
中文说明书有一本印刷本,但没有电子版的,大概40多页,翻的不是很好,但
对于初学者很有用,如果有需要的,我试试扫描或者用数码相机照下来! 在北京学习过程中,觉得资源共享非常的重要,这样大家才能共同进步啊! 谢谢!能传给我吗,现在急需susan33399@sohu.com非常感谢
成立脑功能经验交流探讨小组,qq群为193555。欢迎大家加入讨论。
小弟用spm2做自己的课题。遇到几个问题: 1 如何获得激活区的cluster数
2 有没有软件,给出tal坐标,就给出解剖位置。 3 contrast的t检验和f检验。有没有差别。
听北师的老师讲课,说是用几个量,去解释一个量,正好符合F检验。 请各位高手赐教。楼主人太好了。解决了我很大的问题。
我刚开始做fMRI,不懂的问题很多。希望以后有机会再向楼主大人请教。1 在result界面中点击olume,就可以得到了,自己研究研究吧!olume中的结果是非常非常重要的,应该重点研究!
3 我想学过统计的人都应该明白t test和F test的区别:t是用来对两者之间进行比较;F是对多者进行比较,其中任意两者有无显著性差异。
我想园子里应该有不少人懂spm,为何没人回答问题呢?一个人的力量是有限的。各位老师我最近正在做脑功能相关课题,苦于不会是用SPM、AFNI等后处理
软件,希望能得到更详细系统的说明!!!
另外有人使用西门子的机器么,西门子(AANTO 1.5T)的BOLD图像为什么会把头的36个断层图像放在一个DICOM原始图中,机器上浏览到的就是那个样子,不知在后处理时,如何设置参数!?
bianka0830:你能给我一个你的中文说明吗?dai.xian.feng@163.com
万分感谢!!!有没有软件,输入talrach坐标,就能给出是哪个脑回。中文说明感觉用处不大,这里讨论的基本都是FMRI,针对于PET好像不多。talrach demon 软件
你应用T2模板得到的是MNI模板,尚需要有个转换才可以关于SPM2得到激活区后定位的问题,恳请哪位高手详细讲讲,要用哪些软件?具体步骤怎样?万分感谢!wo xu yao spm2
dyp5516@msn.comhuashan608 wrote: talrach demon 软件
你应用T2模板得到的是MNI模板,尚需要有个转换才可以 关于SPM2得到激活区后定位的问题,恳请哪位高手详细讲讲,要用哪些软件?具体步骤怎样?万分感谢!
对于激活坐标的定位问题有两种方法,如果你只是想大概的看看激活脑区的话,可以利用SPM中的AAL这个小TOOLS,它可以很快给你看看脑区的激活情况,不过这个结果不能写文章,只能给你说明你所作的统计的正确性而已!
另外你在下载一个软件叫xjiew的软件,非常好用,对于查找坐标以及定位等不问题不需要编程的,一次搞定的!
斑竹!能给我加一分不?water2 wrote:
我已经解决了。在MRIcro的第一步,把Sort using DICOM index钩上即可 我也发现了这个问题,后来试着打勾就好了,但是flip left/right那个勾要不要打上呢,今天我处理数据时发现左右是反的啊,您还有什么新发现?
不要转换了,因为医学上面习惯上把左、右颠倒,在SPM中有一步会自动 将左右转换过来,所以MRIcro中就不需要转换了。终于有高手肯指点了,先谢一个。
能讲详细点吗?关于软件的下载和用法。我已经快走投无路了。能 传给我一份吗?我的邮件是duhanjian@sohu.com 谢谢了mridoctor
我用的机器和你一样,西门子的AANTO 1.5T
这种把所有层面放在同一个图像里称为MOSIC格式,个人认为比分开放有优势,可以节约空间,并减少文件数量。
我使用的是AFNI,对SPM只是了解一点。我所知道的是AFNI和SPM对本机器的图像识别是很好的,按照说明的要求去转换就行了。我原来用GE公司的机器的时候也出现过这样的问题,后来发现有个Sorting using dicom data钩钩一定要钩上。我的具体步骤是这样的(我的是8个层面,128个olume,共1024个图片):
MRIcro处理DICOM数据
1.Import->open foreign--------- Import->display header-----找到slice location=-22.84781265-------再打开后一个文件,找到slice location ;如果不一样,说明文件是按扫描时间排的,而不是按扫描位置排的-------
2.Import→coert foreign to analyze→number of files: 1024, slice Increment: 1, olume increment: 0, olumes: 128 (1024/8)[T1结构像number of files: 8, olumes: 1]→点design 看文件是不是按每8个组成一个olume→√Autodetect Mosaics, √sort using DICOM data, not filename, √open sequential files: ignore filename→select→OK→图像所在文件夹→选取第一张→打开→取名(如run1.hdr)→保存在run1目录下→sae→File: open image [Analyze or oxBo] (run1.hdr)→open→OK→检查一下图像的顺序→File: sae as [rotate/clip/format/4D→3D]→sae [intel]→segment [File001, File002]→保存
我手头还有一个Talaraich坐标定位的软件,自己用起来感觉不错,上传在附件中,希望对有这些问题的站友能有所帮助。使用时可能还要先下载一个Jaa runtime软件。
我也是初学fMRI,希望能有更多交流机会,见到更多好贴。另外,能否请bianko0830站友给我也发个SPM的说明,英文的也可。yongming-wu@163.com TDClient.part01.rar (490.0k)第二部分 TDClient.part02.rar (490.0k)第三部分 TDClient.part03.rar (490.0k)第四部分 TDClient.part04.rar (490.0k)第五部分
TDClient.part05.rar (114.84k)初来乍到,能传给我一份吗?下载了,对于我这样的入门级选手已经够用了!请版主给加分!mridoctor 我用的机器和你一样,西门子的AANTO 1.5T
这种把所有层面放在同一个图像里称为MOSIC格式,个人认为比分开放有优势,可以节约空间,并减少文件数量。
我使用的是AFNI,对SPM只是了解一点。我所知道的是AFNI和SPM对本机器的图像识别是很好的,按照说明的要求去转换就行了。 aslipper你好!
如果你能看到此条留言的话,方便时与我联系
(dai.xian.feng@163.com),我想和你交流一下afni处理fmri数据的问题! 谢谢! 免责声明
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