生物信息学-实验6

【实验目的】

1. 掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2. 熟悉蛋白质基本性质分析；

3. 熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、 结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；

4. 了解蛋白质结构预测。 【实验内容】

1. 使用NCBI检索人脂联素 (adiponectin)蛋白质序列；

2. 使用ExPASy在线软件包对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；

3. 对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析； 4. 对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。

【实验方法】

1. 人脂联素蛋白质序列的检索：

（1）百度进入NCBI网址(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)； （2）在Search后的选择栏中选择protein； （3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin； （4）点击go后显示序列接受号及序列名称；

（5）点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens])后显示序列详细信息；

（6）将序列转为FASTA格式保存；

2. ExPASy分析蛋白质的序列特征 http://www.expasy.org/tools/ 点击进入网址 （http://www.expasy.org/）→ 点击左侧的\"proteomics\"子库 →再点击右侧的“Tool”内的各类软件分析人脂联素蛋白质的分子质量、氨基酸组成、蛋白质分子蛋白质分子疏水性水平；

备注：

\"Computer pI/MW\"可以分析蛋白质的等电点和分子量大小； \"GPMAW\"可以分析氨基酸的组成； \"FindMod” 预测蛋白质的翻译后修饰； \"HCA\"可以分析蛋白质的疏水性簇；

3. 人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：

第 1 页

（1）进入NCBI/Blast网页； （2）选择Protein-protein BLAST (blastp) ； （3）将FASTA格式序列贴入输入栏； （4）点击BLAST； （5）查看与之同源的蛋白质；

4. 人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：

（1）可由expasy-tools(http://cn.expasy.org/tools/)中的链接进入，或直接输入网址（http://www.predictprotein.org/）进入；

（2）进入predictprotein页面后，先register（注册）； （3）然后将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，submission（提交）所要分析的蛋白序列；

（4）分析结果。

PHD predictions 结果：

PROF predictions结果

人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：

（1） 进入

http://www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页；

（2） 选择Automated mode （自动模式）；

（3） 进入Automated mode 界面后输入E-Mail地址和序列名称，将将人

脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏，点击“submit modeling request”后，等待结果。

（4）下载蛋白PDB文件观看其三维结构图像。（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。

【作业】

1. 提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；

2. 总结进行上述分析所需注意的关键事项。

第 2 页